All'interno del periodo di deposizione dei sedimenti cade pure il limite tra le ere Secondaria e Terziaria, detto limite K/T (65 MA fa): avvenne allora un evento catastrofico che portò alla scomparsa di molti animali, tra cui i Dinosauri sulla terraferma. Le rocce, specie nella formazione della Scaglia Rossa, inglobano piccole percentuali di minerali di ferro che hanno reso possibili indagini paleomagnetiche dalle quali si è potuto stabilire, tra l'altro, che la penisola italiana ha subito negli ultimi 80 Ma una rotazione antioraria di 50°-70° rispetto all'Europa, fino a raggiungere l'attuale posizione. La gola è passata alla ribalta per un'importante scoperta effettuata nella zona del limite K/T. Misurando la concentrazione di iridio nella Scaglia Rossa, si è rilevato un notevole incremento di questo elemento al limite K/T, in seguito confermato a scala globale, e probabilmente dovuto a un apporto di materiale extraterrestre proveniente dal sistema solare. L'ipotesi più plausibile risulta quella che prevede l'impatto di un grosso meteorite sulla superficie terrestre, il quale avrebbe immesso nell'atmosfera grandi quantità di polveri che si sarebbero mantenute in sospensione per alcuni anni, assorbendo notevoli quantità di radiazioni solari a discapito di cicli vitali. L'effetto di questo impatto fu catastrofico per la vita sulla terra.

Le piante terrestri per mancanza di luce morirono o fermarono la loro crescita. Gran parte degli animali che erano direttamente legati a tale vegetazione si estinsero. Solo gli organismi meno specializzati (tra cui i mammiferi ancestrali) riuscirono a sopravvivere. Oltre alla sua grande importanza geologica, la Gola del Bottaccione ha un notevole interesse anche per le testimonianze storico-artistico di cui è ricca, a cominciare dall'ardito acquedotto medievale.